藥物化學(xué)是一門發(fā)現(xiàn)與發(fā)明新藥、合成化學(xué)藥物、闡明藥物化學(xué)性質(zhì)、研究藥物分子與機(jī)體細(xì)胞（生物大分子）之間相互作用規(guī)律的綜合性學(xué)科，是創(chuàng)新藥物研發(fā)的源頭學(xué)科。安徽醫(yī)科大學(xué)藥物化學(xué)學(xué)科創(chuàng)立于1998年，是安徽省藥物化學(xué)專業(yè)委員會的發(fā)起和主任委員單位，擁有安徽省首個藥物化學(xué)博士點。

學(xué)科師資力量雄厚，現(xiàn)有專任教師9名，分別畢業(yè)于中國藥科大學(xué)、南京大學(xué)、中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)、中山大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)等著名高校，均具有博士學(xué)位。其中教授3名，副教授3名；博導(dǎo)1名，碩導(dǎo)8名。安徽省學(xué)術(shù)與技術(shù)帶頭人1名，皖江學(xué)者1名，安徽省杰青1名，安徽醫(yī)科大學(xué)中青年學(xué)術(shù)技術(shù)帶頭人1名，安徽醫(yī)科大學(xué)青年拔尖人才培育人選2名。

學(xué)科實驗室面積約200平方米，擁有化學(xué)合成、相互作用評價、靶標(biāo)蛋白純化、新藥高通量篩選等學(xué)科上下游科學(xué)研究儀器，價值約600萬元。擁有計算機(jī)輔助藥物設(shè)計平臺，從事先導(dǎo)化合物的結(jié)構(gòu)設(shè)計、分子對接、藥物團(tuán)模型構(gòu)建、中藥成分的作用靶點搜尋、化合物與作用靶標(biāo)的相互作用預(yù)測、化合物的ADMET性質(zhì)的預(yù)測；基于生物靶點的藥物篩選等研究，為藥物前期的研發(fā)提供指導(dǎo)與思路。

學(xué)科近年來承擔(dān)了國家級課題十余項、省部級課題二十余項，縱向研究經(jīng)費近600萬元。在Journal of Medicinal Chemistry、 Medicinal Research Reviews、European Journal of Medicinal Chemistry等學(xué)科Top學(xué)術(shù)期刊發(fā)表論文百余篇，獲安徽省自然科學(xué)三等獎，安徽省青年科技獎等獎項，國家授權(quán)發(fā)明專利十余項，形成了端粒酶抑制劑、抗炎系列化合物的發(fā)現(xiàn)等一批具有國際影響力的學(xué)術(shù)成果。

學(xué)科研究方向一：基于靶標(biāo)與機(jī)制的藥物合理設(shè)計

圍繞端粒酶、CDK、HIF-1、膽堿酯酶等藥物作用靶標(biāo)、通過合理藥物設(shè)計、化學(xué)合成，活性篩選，發(fā)現(xiàn)小分子抑制劑，進(jìn)行藥理活性篩選和安全性、藥代動力學(xué)等臨床前研究。

學(xué)科研究方向二：活性小分子的合成與構(gòu)效關(guān)系

進(jìn)行抗腫瘤、抗炎、抗阿爾茨海默等重大疾病，合成、篩選發(fā)現(xiàn)小分子化合物，進(jìn)行藥理活性篩選并深入研究作用機(jī)制。

學(xué)科研究方向三：藥物化學(xué)生物學(xué)與靶標(biāo)確認(rèn)

基于活性小分子調(diào)控研究，發(fā)現(xiàn)高活性、高選擇性的小分子調(diào)節(jié)劑，以化學(xué)生物學(xué)為基礎(chǔ)，充分運(yùn)用化學(xué)方法和技術(shù)手段探索活性分子在生物體內(nèi)的作用靶標(biāo)，在分子水平上探討疾病治療的作用機(jī)制。