藥學(xué)院依托藥學(xué)（臨床藥理）和中藥學(xué)兩大學(xué)科群，以臨床問題為導(dǎo)向，開展生物醫(yī)藥活性成分的定性與定量分析、原料藥及有關(guān)雜質(zhì)的結(jié)構(gòu)確證研究及中藥化學(xué)成分的分析。學(xué)院還通過基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)的學(xué)科進行藥品臨床前研究（包括新先導(dǎo)的細胞和分子生物學(xué)、藥理、藥物制劑等多學(xué)科技術(shù)服務(wù)），以及篩選新型活性先導(dǎo)結(jié)構(gòu)，含分離提取、結(jié)構(gòu)改造及計算機輔助藥物設(shè)計。學(xué)院的科研側(cè)重新理論、新技術(shù)、新方法、新產(chǎn)品的開發(fā)與利用，聯(lián)合攻關(guān)，推動了創(chuàng)新藥物研究與應(yīng)用的進步。

    藥學(xué)院現(xiàn)有的科研平臺為以下的三個實驗室，兩個研究中心，一個研究院：2008年“藥學(xué)綜合技能實驗中心”獲得中央與地方共建高等學(xué)校共建專項資金資助；2008年參與建設(shè)的“抗炎免疫藥理學(xué)省部共建教育部重點實驗室”經(jīng)教育部批準立項；“天然藥物活性成分研究重點實驗室”2008年被安徽省科技廳批準立項為省級重點實驗室，實驗室依托項目完成良好，經(jīng)評估于2010年和2012年分別獲得資助資金追加；2008年“安徽省天然藥物活性成分工程技術(shù)研究中心”由安徽省科技廳批準建設(shè)，并于2012年順利通過驗收；2009年“中藥藥理實驗室”被批準為國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科研三級實驗室；2011年藥學(xué)院參與建設(shè)的“抗炎免疫藥理學(xué)重點實驗室”成為教育部重點實驗室；2013年“安徽省創(chuàng)新藥物產(chǎn)業(yè)共性技術(shù)研究院”獲安徽省教育廳批準建設(shè)。

    藥學(xué)院目前承擔國家自然科學(xué)基金資助項目、國家重大基礎(chǔ)研究前期（973 前期）研究、國家科技部863資助項目、“重大新藥創(chuàng)制”科技重大專項項目等各類自然科學(xué)研究項目100余項，近三年發(fā)表學(xué)術(shù)論文400余篇。自2012 年以來，共承擔國家自然科學(xué)基金重點項目、優(yōu)秀青年基金項目、重大研究（培育項目）計劃、科技部重大專項等國家級課題70多項；省部級及橫向科研項目50余項，總科研經(jīng)費達3700 余萬元。發(fā)表學(xué)術(shù)論文共440余篇，SCI 收錄298 篇， 2篇論文先后入選ESI 熱點論文，7篇論文入選ESI高被引論文，獲國家發(fā)明專利授權(quán)15項 。獲得安徽省自然科學(xué)一等獎、二等獎各1項，三等獎2 項；青年科技獎2項，華夏醫(yī)學(xué)科學(xué)獎三等獎1 項，吳孟超青年醫(yī)學(xué)獎1 項。其中藥理毒理學(xué)在基本科學(xué)指標數(shù)據(jù)庫（ESI）全球排名1%。而中藥學(xué)科在中藥資源與鑒定研究、天然藥物活性研究、中藥藥理學(xué)、中藥藥物代謝動力學(xué)、中藥藥物分析學(xué)等方面具有特色和優(yōu)勢研究方向。